1、发病病毒：
病原体两者均为肠道病毒感染引起，疱疹性咽峡炎为柯萨奇A组病毒，手足口病以柯萨奇A组16型、肠道病毒71型（EV71）多见，重症手足口病多由EV71感染引起。
2、发病特征：
（1）诊断仅于口腔咽腭部位、悬雍垂的黏膜上或口腔其他部位出现疱疹，诊断为疱疹性咽峡炎，如手、足、口、臀、膝关节、肘关节等部位出现斑丘疹、疱疹，诊断手足口病。
（2）疱疹性咽峡炎与手足口病均可以伴发热或不伴发热。
（3）部分手足口病患儿口腔未见疱疹，也可以先于口腔部位出现疱疹，之后再出现手、足、臀、膝关节、肘关节等部位的皮疹。
1、发病病毒：
为单纯疱疹病毒Ⅰ型感染所致。
2、发病特征：
（1）多见于1～3岁小儿，发病无明显季节差异，呈现更大的，持续更久的溃疡。
（2）疱疹性咽峡炎疱疹主要发生在咽部和软腭，有时见于舌但不累及齿龈和颊黏膜，此点与疱疹性口腔炎迥异。
1、发病病毒：
无。
2、发病特征：
很少发生于咽部，而且一般无全身症状。
1、可根据症状和特征性口腔损害作出诊断。
2、最好通过从损害处分离到病毒或通过特征性抗体滴度升高加以证实，但这些检查并不推荐常规采用。
3、疱疹性咽峡炎的主要表现为急骤发热，可持续高热或反复高热，咽痛，吞咽时尤甚，有时诉头痛、腹痛或肌痛；血常规检查大多是血细胞计数正常或略低。
1、疱疹性咽峡炎起病2日内口腔黏膜出现少数（很少多于12个）小的（直径1～2mm）灰白色疱疹，周围绕以红晕，多见于扁桃体前部，但也可位于软腭，扁桃体，悬雍垂，舌部等。
2、在以后的24小时内水疱破溃变为浅溃疡，直径一般在5毫米以下，1～5日内愈合。
3、症状一般7日内消失，在感染后能产生持久的免疫，但A组中其他型病毒或其他肠道病毒也可能引起再次发病。
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